DNA Ambiental e suas Aplicações na Ecologia

Código: - ERN.702-98

Carga Horária: - 60 horas

Créditos: - 04

Professor(a) Responsável: - Prof. Dr. Pedro Manoel Galetti Junior

Professor(a) Colaborador(a): - Prof. Dr. Bruno Henrique Sanharoli (DGE)
                                                        Profa. Dra. Carla Cristina Gestich (DGE)

Ementa:

     A disciplina “DNA ambiental e suas aplicações na ecologia” abordará os principais fundamentos teóricos e práticos sobre o uso do DNA ambiental em conjunto com as técnicas moleculares. Assim, a disciplina trará como principais tópicos a serem abordados: o uso diferentes fontes de DNA ambiental (eDNA) e DNA derivado de  invertebrados (iDNA); desafios metodológicos para amostragem, extração do DNA e amplificações de sequencias de DNA informativas para a identificações de espécies (minibarcodes); a importância dessa abordagem para estudos de levantamento de espécies animais, incluindo espécies ameaçadas e invasoras; emprego de diferentes ferramentas de análises (sequenciamento metabarcoding e qPCR) adequadas para cada tipo de estudo; o uso de ferramentas de bioinformática para análise dos dados de sequenciamento de próxima geração. Ao longo da disciplina, serão apresentadas e discutidas as aplicações dessa abordagem em estudos de ecologia, incluindo também aplicações derivadas, por exemplo, estudos de dieta, comportamento, coevolução e interações.

 

Tópicos Abordados

Teóricos

  1. DNA ambiental: significado, fundamentação, fontes de DNA, desafios metodológicos (4T)
  2. Microbiomas e metagenômica (2T)
  3. Metabarcoding e qPCR (4T)
  4. Estudos de levantamento de espécies animais: fortalezas e limitações (2T; 5P; 2S)
  5. Potenciais e desafios nos estudos de abundância (2T; 5P; 3S)
  6. Monitoramento de espécies invasoras e de espécies ameaçadas (2T; 5P; 3S)
  7. Estudos de reconstrução histórica dos ambientes (2T; 5P; 3S)
  8. Aplicações derivadas: estudos de dieta, comportamento e coevolução e aplicações (2T; 6P; 3S)

Bibliografia

Taberlet, P., Bonin, A., Zinger, L., & Coissac, E. (2018). Environmental DNA: For biodiversity research and monitoring. Oxford University Press.

Carvalho, C. S., De Oliveira, M. E., Rodriguez‐Castro, K. G., Saranholi, B. H., & Galetti Jr, P. M. (2022). Efficiency of eDNA and iDNA in assessing vertebrate diversity and its abundance. Molecular Ecology Resources, 22(4), 1262-1273.

Zinger, L., Donald, J., Brosse, S., Gonzalez, M. A., Iribar, A., Leroy, C., ... & Lopes, C. M. (2020). Advances and prospects of environmental DNA in neotropical rainforests. Advances in ecological research, 62, 331-373.