Análises de Microbioma (Microbiome Analisis)
Código: - ERN.702-97
Carga Horária: - 45 horas
Créditos: - 03
Professor(a) Responsável: - Prof. Dr. Hugo Miguel P. de M. Sarmento
Professor(a) Colaborador(a): - Docentes do Exterior
Ementa:
Estado da arte das pesquisas em microbiomas de ambientes naturais, abordando os domínios nele contidos: bactérias, arqueas, vírus, fungos e protistas. Serviços ecossistêmicos fornecidos pelos microbiomas. Avaliação da saúde dos ecossistemas através do microbioma. Métodos de análise de microbioma utilizando dados de sequenciamento de nova geração (NGS) e análise bioinformática. Formação teórica e prática na utilização de ferramentas bioinformáticas de processamento de dados moleculares. Esta disciplina tem como objetivo dotar o aluno de bases teóricas, práticas e analíticas mais atuais em ecologia micobiana.
Tópicos Abordados
Teóricos
1. Definições, conceitos e ferramentas no estudo de microbiomas: amplicons, genomas, metagenomas metatrascriptomas, metabolomas, SAGS e MAGS.
2. Perspectiva histórica das pesquisas em micobiomas.
3. O microbioma aquático.
4. O microbioma do solo.
5. Ferramentas informáticas para lidar com "big data": High perfomance computing: sistemas operativos do tipo Unix (Linux and MacOS).
6. Introdução aos softwares/plataformas mais utilizados nas análises de microbioma.
7. Análise de comunidades microbianas, metacomunidades e biogeografia em ambiente R;
8. Análises de redes de co-ocorrência.
Bibliografia
Avise, J.C. (2004) Molecular Markers, Natural History, and Evolution, Sinauer Associates, Incorporated.
Beebee T. and G. Rowe (2007) An Introduction to Molecular Ecology, 2nd Ed. Oxford University Press.
Beiko, R.G.; Hsiao, W. and Parkinson, J. (2018) Microbiome Analysis: Methods and Protocols. Totowa, NJ: Humana Press ISBN: 978-1-4939-8728-3, Springer.
Freeland, J.R.; S.D. Petersen, H. Kirk (2011) Molecular Ecology, 2nd Ed. ISBN: 978-1-119-99308-7, Wiley-Blackwell.
Stal, L.J and Cretoiu, M.S. (2016) The Marine Microbiome. ISBN: 978-3-319-32998-7, Switzeland: Springer.
Xia, Yinglin, Jun Sun, and DingpGeng Chen (2028) Statistical Analysys of Micobiome Data with R. Vol. 847. Singapore: Springer.
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